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Graphormer部署教程Nginx反向代理Basic Auth实现私有分子服务安全访问1. 项目概述Graphormer是一种基于纯Transformer架构的图神经网络专门为分子图原子-键结构的全局结构建模与属性预测而设计。该模型在OGB、PCQM4M等分子基准测试中表现优异大幅超越了传统GNN方法。核心特性模型名称microsoft/Graphormer (Distributional-Graphormer)版本property-guided checkpoint模型大小3.7GB部署日期2026-03-272. 环境准备与快速部署2.1 系统要求确保您的服务器满足以下最低配置操作系统Ubuntu 20.04 LTS或更高版本GPUNVIDIA RTX 409024GB显存或同等性能显卡内存32GB或更高存储至少20GB可用空间2.2 基础依赖安装# 安装基础工具 sudo apt update sudo apt install -y nginx supervisor python3-pip # 创建Python虚拟环境 python3 -m venv /root/graphormer-env source /root/graphormer-env/bin/activate # 安装核心依赖 pip install torch2.8.0 torch-geometric rdkit-pypi ogb gradio6.10.03. 服务配置与启动3.1 Supervisor服务管理创建Supervisor配置文件/etc/supervisor/conf.d/graphormer.conf[program:graphormer] command/root/graphormer-env/bin/python /root/graphormer/app.py directory/root/graphormer userroot autostarttrue autorestarttrue stderr_logfile/root/logs/graphormer.err.log stdout_logfile/root/logs/graphormer.out.log environmentPYTHONPATH/root/graphormer应用配置并启动服务sudo supervisorctl reread sudo supervisorctl update sudo supervisorctl start graphormer3.2 验证服务运行检查服务状态sudo supervisorctl status graphormer预期输出应显示为RUNNING状态。首次启动可能需要几分钟加载模型。4. Nginx安全配置4.1 反向代理设置创建Nginx配置文件/etc/nginx/conf.d/graphormer.confserver { listen 80; server_name your-domain.com; location / { proxy_pass http://127.0.0.1:7860; proxy_set_header Host $host; proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr; proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for; } }4.2 Basic Auth认证配置创建密码文件sudo sh -c echo -n username: /etc/nginx/.htpasswd sudo sh -c openssl passwd -apr1 /etc/nginx/.htpasswd更新Nginx配置添加认证server { # ... 保持原有配置 ... auth_basic Restricted Access; auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd; }重启Nginx生效sudo nginx -t sudo systemctl restart nginx5. 使用指南5.1 分子属性预测访问配置的域名如http://your-domain.com输入有效的SMILES分子结构示例见下表选择预测任务类型property-guided: 通用分子属性预测catalyst-adsorption: 催化剂吸附特性预测点击预测按钮获取结果常用SMILES示例分子名称SMILES表示法乙醇CCO苯c1ccccc1乙酸CC(O)O水O5.2 API调用示例通过Basic Auth认证后可直接调用API接口import requests from requests.auth import HTTPBasicAuth url http://your-domain.com/api/predict auth HTTPBasicAuth(username, password) data { smiles: CCO, # 乙醇 task: property-guided } response requests.post(url, jsondata, authauth) print(response.json())6. 常见问题解决6.1 服务状态异常症状Supervisor显示STARTING但长时间不切换为RUNNING解决方案tail -f /root/logs/graphormer.out.log # 查看加载进度首次加载3.7GB模型可能需要5-10分钟6.2 端口访问问题症状无法通过7860端口访问服务检查步骤确认防火墙规则sudo ufw status测试本地访问curl http://localhost:78606.3 Nginx认证失败症状Basic Auth反复提示认证解决方案检查密码文件权限sudo chmod 640 /etc/nginx/.htpasswd sudo chown root:www-data /etc/nginx/.htpasswd验证密码格式cat /etc/nginx/.htpasswd7. 总结本教程详细介绍了Graphormer分子属性预测模型的安全部署方案通过Nginx反向代理和Basic Auth实现了服务安全防护基础认证防止未授权访问生产级部署Supervisor保障服务稳定性便捷访问80端口标准化访问完整功能保留支持Web界面和API调用对于科研团队和药物研发机构这套方案既保证了分子数据的隐私安全又提供了便捷的使用体验。后续可根据需要扩展HTTPS加密、IP白名单等高级安全功能。获取更多AI镜像想探索更多AI镜像和应用场景访问 CSDN星图镜像广场提供丰富的预置镜像覆盖大模型推理、图像生成、视频生成、模型微调等多个领域支持一键部署。